萨迦寺位于距日喀则149公里的萨迦县城。萨迦寺分为南北两寺，得名于北寺，现在只存南寺。公元1073年，萨迦派创始人昆·贡觉杰布在冲曲河北岸灰白土山上建了 

　　一座白宫，用藏语的“灰白土”命名寺名，称之为萨迦寺，现在依稀可见残垣断壁，后人称为古城寺，或萨迦北寺。1288年，本钦·释迦桑布建了萨迦南寺，经历代昆氏子孙扩建，形成今天所见的萨迦寺规模。全寺建筑面积14700平方米，外围高大围墙，高5米，厚近2米，四隅各建一座角楼。主殿面积5700平方米，由40根红漆巨柱直托殿顶，中间四根尤为粗大，其中最粗的一根直径1.5米，称作“甲纳色钦嘎那”，：“皇帝送的柱子”；第二根叫“重卜噶瓦”，意为公野牦牛送的柱子；第三根叫做“达卜噶瓦”，意为公老虎送的柱子；第四根叫做“那卜查杂噶瓦”，意为海神送的流血的柱子。八思巴时期最大一次修建时，从内地调集了不少工匠，因而萨迦寺既带有汉式城池建筑的影子，更具西藏地方宗教特色，融汇了藏、蒙、汉的建筑风格。昆氏家族以萨迦寺为中心，逐渐形成了藏传佛教的萨迦派。因萨迦寺内墙壁上涂有象征文殊、观音、金刚菩萨的红、白、蓝三道不同颜色的图案，因而萨迦派又被称之为“花教”。

　　　在萨迦派创立过程中，昆氏家族有五人作出了巨大的贡献，被称作萨迦五祖；初祖是继承传播佛教新密的贡噶宁布，二祖是推崇新密广收门徒的索南孜摩，三祖是索南孜摩的弟弟扎巴坚赞，精通显密二宗。前三祖都娶妻生子，后人称之为白衣三祖。后二祖出家持戒、精通佛教经典，称之为红衣二祖，他们是知识渊博、被尊称为“班智达”(大博士)的贡噶坚赞和著名佛学家及政治活动家的八思巴。贡噶坚赞和八思巴顺应历史，两次到内地参见元朝皇帝，完成了西藏正式纳入祖国版图的伟大历史进程。1260年，八思巴被元世祖忽必烈封为国师，以后又封为大宝法 王、帝师。元朝当时在西藏清查户籍人口，设立十三万户府，设驿站屯驻军队，任命萨迦“本钦”(意为长官)代表中央处理西藏政务，确立了萨迦派在西藏的统治地位，中央建立总制院(后改宣政院)管辖全国宗教事务和藏地行政事务。   

　　萨迦寺被称之为“第二敦煌”，其典籍、文物、壁画的丰富和珍贵，世界罕见。全寺藏书四万余卷，仅大神宝殿后壁的一个木制书架，就长57.2米，高11米，宽1.3米，共有书仓464个，堆集了数以万计的经卷。最珍贵的是《布德甲马龙》大藏经，长1.8米，宽1.03米，厚0.67米，这部巨著对西藏的宗教、历史、哲学、文学、农牧业等都有论述。寺内还珍藏了21部贝叶经(原有100多部)，每张叶片上用梵文写满佛经，还绘有四幅彩色插图，每部厚达一、二百页。寺内还存放着众多历代皇帝赠送给萨迦法王的古瓷器、玉碗、镀金菩萨、盔甲、战刀、法器、螺号、马蹄式龙袍、皇靴、印章、唐卡以及锦织品等许多珍贵文物。萨迦寺的壁画堪称一绝，可谓集西藏壁画之大成。壁画内容有连续的佛教故事、萨迦历代法王画像，尤以八思巴会见忽必烈、萨迦寺建设场面等最为宝贵。这些壁画笔法粗犷，素雅鲜活，画工精细，构图富于变化 是难得的艺术珍品。